バカンス先で出会った少女・九亜の願いを受け、海軍の魔法研究所に乗り込んだ達也。
目的は、九亜と同じく研究のために道具のように扱われている、少女たちを助け出すこと。
一方同じ頃、この施設で研究されている魔法を巡り、ＵＳＮＡ軍の魔法師部隊・スターズも研究所に迫ってきていた。
海軍、スターズ、そして迫りくる世界の危機……。
すべてを相手に、達也は少女の願いを叶えることができるのか。

劇場版「魔法科」、ついに完結!!