主人公は、広島の小さな島から鎌倉に転校してきた5年生の凜太郎。同級生の上條天馬・山内六花と一緒に謎を解きながら、新しい学校になじんでいく様子も描かれます。両親行方不明の真相を知るために、お宝事件に関心を持つ天馬が興味を持ったのは、信長の秘宝とされる短刀が盗まれた、という事件。そんな大きな事件に小学生がどうやって…？　ヤタガラスのクロちゃんが凜太郎にさりげなく知恵を授け、事件はついに！