豪樹と烈矢たちは、父である一文字博士の旧研究所にたどり着いた。そこには、強大なパワーを持つ「MGストーン」の発見から、その制御装置である「ボルゾニックシステム」に対しての苦悩をつづった父の日記があった。父との思い出にひたるのもつかの間、バイスイントルーダーを操る草薙兄弟が再び現れ、バトル再開！　先に「MGストーン」にたどり着いた者の勝利だというが、愛機・Z－3を破壊された烈矢は…！？　バトル満載のMAXシリーズ、第3巻登場！