人々を守るため、宿敵ウェスカーと手を組み、アンデッドと死闘を繰り広げたアリス。だがそれは仕組まれた罠だった。
利用されたあげく多くの仲間を失ったアリスに、アンブレラ社の人工知能〈赤の女王〉は、人類絶滅のタイムリミットまで48時間であること、だが新たに開発されたアンチウイルスを拡散すれば、アンデッドを一掃できることを告げる。
最後の希望を求め、アリスはラクーンシティへと向かった──。