武装探偵、通称『武偵』。それは凶悪化する犯罪に対抗するため武装を許可された探偵の事である。その最高レベルのＳランク武偵・アリアのパートナーに選ばれてしまった（普段は）ただの一般人・遠山キンジ。ネモとの無人島生活から帰還したキンジは、武偵庁と公安０課によって私立女子高への潜入捜査を命じられる。生徒に紛れて潜伏する『Ｎ』の幹部・ヒュドラを逮捕するためだ。クロメーテルへの変装を強制され、歩調の合わないバスカービルと共に、女子しかいない学校や寮で困難な日々を送るキンジ。さらに役員として入った生徒会で問題が起き……？