幕末、妖ながら人の医師を装う玄眞。その助手で刀の化身・マル。彼らと奇妙な友情を結ぶ浪士・カク。三人は神隠し事件を追って妖の支配する世界「裏京都」に足を踏み込む。が、真の敵は？