薬の製造を唯一の産業とする島「久寿理島」で、４７０年間、女子直系一族だった木葉家に突然生まれた男子・草太は、島の人から「ぼっちゃんは天が下さったのです」と言われて、大事に育てられてきた。１５歳の春、草太は、その製法が女性のみに受け継がれてきた「気休め丸」を万人に効く薬へ改良するために、島の運命を背負って東京へと旅立つ。