それは師と弟子の愛と悲劇の物語……。チャチャゼロの記憶から辿る、神楽坂明日菜のいない世界。そこではヨルダの討伐は叶わず、ネギは多くの仲間を失っていた。失意のネギはエヴァの元を訪れ、束の間の平穏を得た後、悲しき“運命の決戦”に備え、怒濤のごとき日々を過ごしていた……。