冒頭部分に変更があります。
集英社版ではミス・マドゥの神殿へ行き、助言を求めますが、
メディアファクトリー版ではバイケンが登場します。

あと、巻末に見開きの寺沢武一氏インタビューが収録されています。
「ザ・サイコガン」は2008年8月にOVA化が決定していますが、
アニメ化構想自体はかなり昔にできていて、ずっと待ちの状態だったそうです。
今回アニメ化にあたり、上記冒頭部を描き直したとのこと。

集英社版を持ってる人も必見です。