300万年前に陥没したレムリア大陸のシートピア人の末裔が地上人の度重なる核実験に怒り、守護神メガロを地上に送り込む。ロボット・ジェットジャガー、シートピア人の救援に飛来した宇宙怪獣ガイガン、そしてゴジラたちが死闘を繰り広げる。
   突如として巨大化するジェットジャガー、のんびりした音楽にのって登場するゴジラ、自衛隊出動シーンが旧作のライブ・フィルム使用なあたりは時代性を感じる作品ではあるが、シートピア人たちが地上人の核実験によって海底王国の北半分が壊滅してしまったことから「やむをえず」メガロで地上を粉砕しようという攻撃の動機づけには、ゴジラ・シリーズが一貫して描いてきた核の恐怖と、その存在に対する主張が感じられる。主題歌「ゴジラとジェットジャガーでパンチ! パンチ! パンチ!」を子門真人が熱唱している。（斉藤守彦）