時は西暦2036年。深作葵（ふかさく・あおい）の奪還に成功したものの、日本政府から反逆者の烙印を押され孤立無援の状態となった荊（いばら）たち──。さらに追い打ちをかけるように、渋谷のシェルター109内部ではある重大な異変が起こっていた……!!