衛人（モリト）を象ったガウナ（奇居子）がシドニアに襲いかかる。そのコックピットには人の姿をしたエナ（胞衣）がいた。ガウナの目的は何なのか？　なぜ、シドニアを襲うのか？　ガウナに唯一効果的な兵器・カビザシはなぜ、二十八本しか備蓄していなかったのか？　シドニアの過去に何があったのか？　謎が次々と解き明かされるとともに、長道（ながて）の運命が激しく動き出す！