ガウナ（奇居子）の脅威に対し防戦一方だったシドニア。だが、ついに艦長は積極攻勢によるガウナ殲滅を決意する。その決断を後押ししたのは、衛人（モリト）操縦士として英雄視されるまでになった長道（ながて）の成長ぶりだった。一方で、次々と明らかになる科学者落合（おちあい）の異常な研究の数々。戦いは今、新たなる局面へ突入する!!