ロックがヤマトとヘルガの救出した手法をまねることで、ついに自らの肉体を取り戻した「オメガ」。その憎悪の念はまず宇宙ステーションに向けられた。ロックは音信不通となったステーションへと向かうが、そこで「オメガ」と対決。「ラフノールの鏡」ごと切断され重傷を負ってしまう。宇宙の崩壊を企む「オメガ」をくいとめるため、ヘルガとヤマト。そしてヨシノ長官が決死の覚悟で「オメガ」の下へと向かう。ロックの安否は？そして彼らはこの宇宙を救う事ができるのか!?