銀河帝国初代皇帝ナガトのクローンであるヤマトと、「ソード・オブ・ネメシス」に登場したキャプテン・ニムバスの部下ヘルガ。彼ら二人は、ヘルガの願いで、異空間内のニムバスを救出する為に、「ペリグリン」研究所の「ゲート」を暴走させる。異空間内に侵入し、さらに道の空間へ飛ばされた彼らは、そこでニムバスのなれの果て「オメガ」と出会う。「オメガ」の最大最強の復讐が始まろうとしていた。