「おまえの秘密を知っている」。ある日メッセージを受け取ったアルは、それを送りつけた者の正体を探るため、単身、工場跡地へ乗り込む。そこで待っていたのは、人ならざる能力を持つナゾの集団。彼らの正体は、軍の研究機関によってヘビや犬と合成された《合成獣》（キメラ）だった！　さらに、集団を率いるグリードは、みずからを《ホムンクルス》（人造人間）と告げ、不死に近い生命力を示す。弟の危機を知ったエドは!?　ついに人知を超えた戦いの幕が切って落とされる！