バリー・ザ・チョッパーを追って第三研究所へ向かうロイたち一行。そこにはウロボロスの入れ墨を持つホムンクルスのラストが待ち受けていた！　一方、エンヴィー、グラトニーと交戦するリンもまた苦戦を強いられていた。驚異の再生能力を誇るホムンクルスを前に活路を見出すことができるのか!?