ホムンクルスを捕縛すべくリンと共同戦線を張るエルリック兄弟は、再び傷の男・スカーと相まみえる。一方、リンとランファンはおびき出されたグラトニーと、キング・ブラッドレイと対峙する。しかし、圧倒的な戦闘能力を誇るホムンクルスを前に絶望の淵へと追い詰められていくのだった……。
果たして、エドたちはホムンクルスを捕らえることができるのか？　そして、交戦のさなかウィンリィは両親の死の原因を知る……。