度重なる侵攻の失敗でついにゼーレは本格的な攻撃を始める。これに対抗するためゲンドウは人工進化研究所を要塞化する。そして赤木博士を中心にユイ・キョウコで仮想空間でのシンジ達の強化を図るのだった！