人工進化研究所に新加入した「赤木ナオコ」。早速「ＭＡＧＩシステム」の導入を始めるも研究所のコンピュータに問題があることが判明する。それを打開するため赤木ナオコはシンジ達に新たな訓練を指示するのだった！