再び「ゼーレ」が動き、人工進化研究所にコンピュータウィルスをしかけてくる。この事態に碇ユイが対処するが窮地に陥ってしまう。一方、ゲンドウは独自に動き「赤木ナオコ」に接触をはかるのだが!?