3D化にともなって、立体空間を生かし変化に富んだステージ構成になったほか、攻撃にも奥行きができたため、敵を見失うことのないよう新システム「ロックオン」が採用されるなど、3Dならではの新しい遊びの要素が加えられている。また、今作からエックスとゼロに加え新たなヒーロー「アクセル」が登場する。特殊能力は「変身能力」で、ガンタイプの武器「コピーショット」を敵に当てると、その敵に変身したり、敵を召喚してその技を使えるようになる。
主人公が3人になったことで、遠距離攻撃の得意なエックス、近距離攻撃のゼロ、特殊能力のアクセルのうち2人を選んでチームを編成して戦う「ダブルヒーローシステム」を楽しめるようになった。プレイ中いつでもキャラクターの交代ができるので、敵キャラの特徴やステージに合わせてプレイヤーを選べるのもうれしい。
ファンの期待に応えつづけ、さまざまなプラットフォームで愛されてきたロックマンシリーズの誕生15周年と同時に、エックスシリーズ誕生10周年記念にもふさわしい作品となっている。(江口謙信)