約二百年前。星喰いと呼ばれる化物によって、人類は絶滅の危機に追い込まれた。そして星喰いと戦うため、人類が生み出したのが錬金術である。かつて世界に七人しかいない達人の一人だった少年・三森慧は、現在は全ての名誉を失った最低の錬金術師として、学校の教師をしていた。そんな彼のもとに、エリート錬金術師の少女・久住悠里が入学してくる。慧は彼女とともに、星喰い異常発生事件の調査にあたることになるが……!?