横浜・レンガ倉庫近くで、ＯＬの涙川紗也が男の刺殺体を発見。その頃、東海地方は、未曽有の豪雨に襲われていた。巫女の血を引く辻曲兄妹は、この全く無関係に思える事象の背後に、古代史上の人物、日本武尊(やまとたけるのみこと)と弟橘媛(おとたちばなひめ)を巻き込んだ、巨大な陰謀の存在を察知する！