日本最古の神社の一つ、奈良・大神神社近くの河原で高校生が殺害された。彼が「蛇が……」と言い残して事切れたと聞き、友人の田村暁は戦慄する。その数日前、二人は大神神社のご神体とされる三輪山で、ある禁忌を犯していたのだ。一方、京都にいた辻曲姉妹も不吉な兆候を察知。怨霊を鎮めるべく、奈良へ――。