「マーラの巻物」に導かれ、ドラキュラ城へ潜入したコブラ一行。そこへ、メガ・カーン率いるブラックダーツが城を襲来。パルチザンとギルドの戦いに巻き込まれていく。ドラキュラ・世が、強い魔力から城を守っていた封印を解いたため、マリオのあやつり人形であるザナドゥにも少しずつ変化が。魔法の源泉を破壊すべく「マーラの巻物」を奪ったメガ・カーンを、コブラたちが追う。