支那事変のさなか、ハルピン憲兵隊特高課長の島三郎憲兵大尉は関東軍参謀長の東條英機中将から、ハルピン郊外の平房にできた新しい軍事施設に行き、「教授」と呼ばれる人物から密命を受けてくれと指示を受ける。詳しい事情を知らされぬまま、特務機関の情報将校「狐」と軍事施設に向かった島は、そこが細菌部隊（後の７３１部隊）の拠点であることを知り、驚愕する。
　「マルタ」と呼ばれる人体実験の材料（＝健康体の犯罪者）を調達するよう密命を受けた島は、教授の横暴な性格や命令内容に内心反発を覚えながらも、反日分子などを細菌部隊に移送する供給網を整備し実績を上げる。細菌戦を裏で指揮していたのは、東條の子飼いで島の陸軍士官学校同期でもある、陸軍参謀本部の熊井琢磨少佐だった。東條と熊井は正義感の強い島を細菌部隊に接近させることで、人格的に問題がある教授を牽制し、いずれ排除しようと目論んでいた。