超次元システム発動のたびに、ゼオライマーの開発者でもある悪の科学者・若槻魔沙樹の記憶が蘇り、その強烈なビジョンに抗えなくなっていく真沙希。変わっていく自分に恐怖を感じ、周りと距離を置くようになっていく。一方、美久を連れ去った鉄神帝国では、もう一体のゼオライマーを完成させていた。ついに無敵の力を手にした総統ネマトーダだったが…。