用意されている事件は3つで、TVシリーズの脚本家が新たに書き下ろしたオリジナルストーリーとなっている。「謎の古文書殺人事件」は哀用のシナリオで、「異国館殺人事件」は平次用のシナリオとなっている。それぞれの事件をクリアすると、「追憶の宝物事件」が選べるようになり、コナンが登場する。コナンが事件を推理するときは、哀や平次が解いたシナリオから、トリックに関するヒントがコナンに与えられるようになっている。
ちなみに、各キャラクターの目線で会話ができる「クレーンシステム」や、ひらがなと漢字の表示切り替えが簡単にできるなど、低学年のユーザーにも配慮されたシステムも導入されている。(岡田幸司)