「新スター・トレック」の第6シーズンが製作された時、「スター・トレック／ディープ・スペース・ナイン」の登場によって、やがて関心が2つに分かれ、元に戻せなくなるだろうということを誰もが知っていた。案の定、2つの番組が混じり合うクロスオーバー・エピソード（「バースライト」）、ゲストの俳優陣、引用などが行ったり来たりするようになった。バトン・タッチのような感覚がTNG（The Next Generation、「新スター・トレック」）ファミリーを近しくはしたが。俳優たちの監督デビューが第5シーズンに始まり、第6シーズンでもいくつかのエピソードを彼らが監督している。ジョナサン・フレイクスは「命のメッセージ」で「機械じかけの小さな生命」の時より腕を上げた。その「命のメッセージ」ではついに「スター・トレック」の世界に出てくる多くの種族がなぜ人型でデコボコの額を持つのかが説明される。パトリック・スチュワートは「ホロデッキ・イン・ザ・ウエスト」でシリーズにウエスタンを持ち込んだ。レヴァー・バートンは「もう一人のウィリアム・ライカー」で、ライカー本人よりいっそう刺激的なクローンのトーマスを登場させた。しかし、この作品では優れたアイデアを十分に生かし切ることができていない。もともとのアイデアではクローンのトムが本物のウィルに取って代わる予定だったからだ。バークレイは、「プラズマ放電の謎」で気味悪さを漂わせた後、精彩を欠く「甦ったモリアーティ教授」で長居しすぎて印象を悪くした（ステファニー・ビーチャムによる演技過剰なカメオ出演があったにもかかわらず）。ピカードが若い頃の数々の決断と対峙することになる、哲学的な意味で興味深い「運命のわかれ道」と対称をなし、痛々しいほど説得力のない「TRUE Q」とQにも同じことが言える。
   だが結局このシーズンは、第5シーズンや第7シーズンよりも多くの印象的なシーンを見せてくれた。「少年指揮官ジャン・リュック・ピカード」の小さな宇宙船、「戦闘種族カーデシア星人」での政略上の拷問に関するショッキングなコメント、「呪われた妄想」の『マトリックス』を思わせる果てしない現実と幻想の謎ときゲーム、そして、公式なタイトルである「謎の潜入者」の代わりにしばしば「ダイ・ハード・ピカード」と呼ばれている、冗談めいたジャンルの作品も楽しめた。最も注目を集めた2つのシーンはスターのカメオ出演だった。「エンタープライズの面影」にはジェームズ・ドゥーアンがオリジナルのエンタープライズ号のブリッジを訪れるほろ苦い場面があった。また、スリルあふれる「ボーグ変質の謎」でスティーヴン・ホーキングがほんの短い時間だけ登場している。両方とも、TNGを玄人好みのスター・トレックにしておくための試みだ。（Paul Tonks, Amazon.com）