システムテストは、上流の作業として実施しているので、本書での下流という位置づけがよくわかりません。
単体テストはプログラミングの中でしているので、分けている根拠がわかりません。

ITプロジェクトは他のプロジェクトの下流だという位置づけは納得できます。
ただ、V字型にしているのであれば、運用、システムテストは上流だと思います。
その後の評価は、超上流だからです。

どういう作業を上流で行うかそのものが、作業設計ではないのでしょうか？

過去の出版物とは異なる視点で、現実の作業を見える化してみてはいかがでしょうか。
「ITプロジェクトの作業設計の見える化」という視点で、次の書籍を期待します。