魂だけで存在する種族がおよそ6000年前に天から降臨し、東京都北区のある下町地域の高台にあった青い石に宿り、当時の縄文人に石神（しゃくじん）として祀られた。それ以来、石神は約1000年ごとに新しい石神に交代しながら今に至っている。
1985年、北区堀船町に住む三人の高校生（アスナ、雄一、仁）と、アスナの従妹の祥子は、1000年ぶりに行われる石神の交代にまつわる騒動に巻き込まれた。
それから、失われた10年を経た1999年、四人はそれぞれの運命に翻弄されていたが、千年杉の中に閉じ込められた石神の恋人を救い出す騒動に再び巻き込まれる。
東京の下町で巻き起こったファンタジー・ロマンス・ほのぼの系騒動記であり、以下に目次を示す。
第1章　プロローグ
　　6000年前
　　魂だけで存在する種族の降臨
　　1000年前
第2章　1985年
　　3人の一人っ子
　　町内の人たち
　　4人目の一人っ子
　　石神
　　帰還の儀式
第3章　1999年
　　天界の女性
　　失われた10年
　　再会
　　女神
　　対決
　　乱入
　　エクソダス（脱出）