ネルフが引き取ったエヴァンゲリオン3号機の起動実験パイロットに、トウジが選ばれた。だが、実験開始後にトウジの乗った3号機が使徒に乗っ取られてしまった。シンジはトウジの乗った使徒と対決することに――!?