操縦センス抜群の美少女、惣流・アスカ・ラングレーがエヴァ弐号機のパイロットとしてやってきた。シンジは、アスカの二重人格ぶりに戸惑いを隠せない。そんな中、2人はコンビネーションの悪さから使徒に玉砕してしまう。ユニゾン攻撃特訓として下った命令は「2人、同じ部屋で暮らしなさい」!?