暴走状態のエヴァ零号機に乗っていたレイを、なりふり構わずゲンドウは助けた。いつも無表情なレイと、息子のシンジに対しても冷酷なネルフ長官のゲンドウが見せるほかにはない2人のあいだの表情を見、シンジの意識はレイに向き始める。そんななか、使徒の襲撃を受け、シンジは瀕死の重傷を負う。