本作はゲーム『新世紀エヴァンゲリオン 鋼鉄のガールフレンド』の続編ではなく、TVアニメ版最終話のいわゆる「学園エヴァ」の世界観をベースに、チルドレン達の学園生活を描く。プレイヤーは碇シンジとなってプレイするゲーム。展開によっては2種類のどちらかのグッドエンドか6種類あるバッドエンドになる。