正義か悪か…闇を疾走る!!　いずれ幕末と呼ばれることになるのかもしれない日本。幕府の幕藩体制維持局と、反幕府組織・評議会との暗闘は益々激しくなっていく。だがその戦いの中、評議会が擁する尖兵・サムライガンに裏切り者が現れ…。そして物語は新たな局面へ!!