固い友情を誓ったウッディとバズ・ライトイヤーにある日、重大な問題が発生。ウッディの肩が壊れてしまったのだ。予定していたカウボーイ・キャンプに行けなくなったウッディだが、偶然棚に忘れられていたペンギン人形ウィージーを助ける事に。日本のおもちゃ博物館に連れて行かれようとする仲間を救えるのか？