密かに思いを寄せていた美少女教師・武者野真実のパンティを使って自慰をしてしまった、女顔の美少年・椎名千春は、その罰として電磁ギロチンでペニスを切り落とされた挙げ句、女性器形成と豊胸手術を受けさせられ、強制的に女の子にされた。
　真実の手酷い仕打ちに、強い衝撃を受ける千春であるが、アナルを指で犯されながら悶絶絶頂した時の快感を忘れられず、学校のトイレで自慰をしながら、再びお仕置きされたいという妄想を膨らませる。
　そんな千春のマゾヒスティックな願望を見抜いた真実は、再び彼を自宅に連れ込み、そこでギロチン去勢と性転換手術の様子を記録した映像を見せ、恐怖を煽った後に疑似陰茎で彼のアナルを犯し、マゾ女としての快楽を教える。
　学校の着替えの時などで、クラスの男子からも熱い視線を注がれるようになった千春は、男だった時だと理解できなかった不思議な感覚に包まれ、真実に更なる過激なプレイを懇願し、遂には彼女の完全な性奴隷にされてしまうのだった。
「体験学習」「学級裁判」に続き「校則違反」をお題にした性転換の教室３、ここに完結！